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侯建国（1959年10月- ），福建福清人，现任广西壮族自治区党委副书记、自治区党委党校校长（兼）。
1985年12月加入中国共产党，1976年10月参加工作，中国科学技术大学基础物理中心固体物理专业毕业，研究生学历，理学博士，中国科学院院士、教授。历任中国科学技术大学基础物理中心教师，中国科学技术大学基础物理中心副主任，中国科学技术大学结构成分分析中心主任，中国科学技术大学理化科学中心主任，中国科学技术大学副校长，中国科学技术大学常务副校长，中国科学技术大学校长，2015年任科学技术部副部长、党组成员，2016任现职。