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邓秀新（1961年11月- ），湖南宜章人，园艺学教授，中国工程院院士。现任华中农业大学校长，中国科学技术学会副主席（兼）。
1980年代初，邓秀新自湖南农学院本科毕业后，考入华中农业大学，师从柑橘专家章文才教授。攻读硕士研究生期间，邓秀新攻克了“柑橘愈伤组织染色体变异研究”课题。1987年，邓秀新毕业于华中农业大学，获得博士学位。1987年，邓秀新被派往美国佛罗里达大学柑橘研究及教育中心开展合作研究。此后，邓秀新成为华中农业大学教授，博士生导师。历任中国柑橘学会理事长、国际柑橘学会主席、中国园艺学会副理事长。1995年5月至2002年3月任华中农业大学副校长。2002年3月被聘为长江学者特聘教授。2007年当选为中国工程院院士。2007年6月起，任华中农业大学校长，接替张端品。2016年6月，当选中国科协副主席。